法律分析：勞動者上班了但是沒打卡，公司要扣勞動者的工資是不合理的，用人單位可以根據(jù)考勤制度和績效考核制度扣取部分績效工資。勞動者與用人單位因工資支付發(fā)生勞動爭議的，當事人可依法向勞動爭議仲裁機關(guān)申請仲裁。對仲裁裁決不服的，可以向人民提起訴訟。

法律依據(jù)：《工資支付暫行規(guī)定》

第十五條 用人單位不得克扣勞動者工資。有下列情況之一的，用人單位可以代扣勞動者工資：

（一）用人單位代扣代繳的個人所得稅；

（二）用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用；

（三）判決、裁定中要求代扣的撫養(yǎng)費、贍養(yǎng)費；

（四）法律、法規(guī)規(guī)定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。

第十六條 因勞動者本人原因給用人單位造成經(jīng)濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經(jīng)濟損失。經(jīng)濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當?shù)卦伦畹凸べY標準，則按最低工資標準支付。

第十七條 用人單位應根據(jù)本規(guī)定，通過與職工大會、職工代表大會或者其他形式協(xié)商制定內(nèi)部的工資支付制度，并告知本單位全體勞動者，同時抄報當?shù)貏趧有姓块T備案。

第十 各級勞動行政部門有權(quán)監(jiān)察用人單位工資支付的情況。用人單位有下列侵害勞動者合法權(quán)益行為的，由勞動行政部門責令其支付勞動者工資和經(jīng)濟補償，并可責令其支付賠償金：

（一）克扣或者無故拖欠勞動者工資的；

（二）拒不支付勞動者延長工作時間工資的；

（三）低于當?shù)刈畹凸べY標準支付勞動者工資的。經(jīng)濟補償和賠償金的標準，按國家有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。

第十九條 勞動者與用人單位因工資支付發(fā)生勞動爭議的，當事人可依法向勞動爭議仲裁機關(guān)申請仲裁。對仲裁裁決不服的，可以向人民提起訴訟。