南普陀寺是中國古代建筑物之一，大雄寶殿石柱上有副對聯："經始溯唐朝與開元而并古，普光被夏島對太武以增輝。"這副對聯將寺廟開基的年代和地理位置說得清清楚楚，那就是說寺廟在唐朝就有了，距今也有1200多年;寺廟對著南太武山，真是風水寶地。據說該寺是唐代首先到島上開發(fā)的陳氏族人所建，五代時，稱泗洲院，宋初叫無盡巖，后該名叫普照寺. 普照院，元代至正年被毀，明洪武時重建，明末又毀于兵火，清康熙二十三年公元1684年，由統(tǒng)一中國的施瑯將軍重建。因與浙江普陀山普濟寺同觀音菩薩，又地處普陀山之南，故稱南普陀寺，是目前國內僧人較多的寺廟。南普陀寺坐子向午，依山面海，呈中軸線遞次向上，主體建筑有天王殿，鐘鼓樓，大雄寶殿，大悲殿，藏經閣，向左右對稱展開，依次層層升高，層次分明，俯仰相應。東西二側依次升高的廡廊，回護著三殿，形成一個整體，雄偉壯觀。南普陀寺原為"臨濟宗"一派世襲主持，起，該為十方叢林選賢制，選撥賢者為方丈。自那時到至今已選任了11任方丈。

　　南普陀寺改革開放后增加了活力，得到了的扶持，也得到了十方信善的捐贈。80年代以來，所有堂院都翻修一新，還新建了一批設施，主要有：海會樓. 普照樓. 方丈樓. 太虛圖書館，兩座山門以及閩南佛學院的教學樓. 僧舍樓，還有佛教協(xié)會的辦公室. 上客堂，會客樓。1992年在般若池畔，新建了一座氣勢宏偉的大禪堂，堂高三層，八角重檐飛脊，圍以白石雕欄，精巧嚴密，富貴堂皇?，F在的南普陀寺是建寺以來最為昌盛的時期，是閩南乃至福建最為流光溢彩，金碧輝煌的寺院!南普陀寺院內以及后山五老峰前，都留下歷代許多摩崖石刻和多塊碑記，主要有明太常寺卿林宗載的"飛泉"，清施瑯將軍的"為善最樂"，以及抗荷將軍沈有容等的題刻和光緒三十四年美國艦隊訪問廈門的刻石，都提供了歷史的見證。